आँध्रप्रदेश ने फोनी तूफान से निपटने की तैयारी कर ली थी। किसी भी स्थिति का सामना करने के लिए अधिकारियों और कर्मचारियों को तैयार रहने का निर्देश दिया गया था। यहां तक कि रेल विभाग ने 81 रेलगाड़ियां परिवर्तित कर दी थी। दोनों ओर से रेल मार्ग में बदलाव किया गया था। दक्षिण मध्य रेलवे (दमरे) ने भी फोनी चक्रवात ने निपटने की तैयारी कर ली थी। दमरे के महाप्रबंधक गजानन माल्या ने सिकंदराबाद के रेल निलयम में वरिष्ठ अधिकारियों के साथ आपदा की तैयारी के सम्बन्ध में बैठक की थी। उस बैठक में सभी मंडल के प्रबंधकों ने वीडियो कांफ्रेंसिंग के माध्यम से भाग लिया था।
सेक्शन में चलने वाले ट्रेनें चक्रवात से प्रभावित हो सकती थी। इसलिए विजयवाड़ा से भुवनेश्वर की लम्बी दूरी के यात्रियों को असुविधा से बचाने के लिए एक अच्छी अल्पकालिक योजना तैयार की गई थी। राजमंड्री और दुबक्का के बीच सभी स्टेशनों पर 24 घंटे निगरानी राखी गई थी। डीजल इंजनों के साथ ही अतितिक्त इंजनों को महत्वपूर्ण जगहों पर तैयार रखा गया था। विजयवाड़ा डिवीजन में आपातकालीन परिस्थितियों के लिए पावर कार, डीजल जनरेटर, टॉवर कार, दुर्घटना राहत ट्रैन और मेडिकल टीमों को तैयार रखा गया था। रेल लाइनों, पुल आदि पर महत्वपूर्ण जगहों पर निगरानी के लिए कर्मचारियों को तैनात किया गया था।