भोज विवि में सबसे बड़ा विवाद यहां पर कर्मचारियों के वेतन वितरण का है। गलत नियुक्तियों के चलते आडिट लगातार वेतन देने पर रोक लगाते हुए वसूली निकाल रहा है। ऐसे में प्रभारी कुलपति को वेतन वितरण सबसे बड़ी समस्या के रूप में सामने आएगा।
इसके अलावा, बीएड परीक्षा के परिणाम। यहां की फैकल्टी के बीच चल रहा विवाद भी महत्वपूर्ण है
विवि के बीयूआई विभाग में शिक्षकों की नियुक्ति और उनका वेतन।
विवि में 91 के संशोधन के बाद नियुक्त किए गए शैक्षणिक और गैर शैक्षणिक कर्मचारियों की नियुक्ति। 92 के बाद से की गई नियुक्तियों का वेतन अभी भी प्रतिबंधित निकल रहा है। शासन से बिना पद स्वीकृत कराए नियुक्ति कर दी गई।
महिला अध्ययन केंद्र की स्थापना को लेकर विवाद।
इसके अलावा विवि के विभिन्न विभागों में गलत तरीके से चले रहे पाठ्यक्रम।