मामले की जांच कर रही काउंटर इंटेलीजेंस विंग चारों को हैदराबाद ले आई, लेकिन गोकुल चाट के सामने बम रियाज भटकल ने रखा था, जिसे आज तक पुलिस गिरफ्तार नहीं कर सकी है। इस मामले में आरोपी इकबाल भटकल और आमिर रसूल खान भी फरार हैं। हैदराबाद धमाकों की सुनवाई अक्टूबर 2016 में शुरू हुई थी।
गौरतलब है कि सुरक्षा कारणों से हैदराबाद की चेर्लापल्ली जेल में स्पेशल कोर्ट में सुनवाई की गई थी। सुनवाई के दौरान आरोपी फारुख शर्फुद्दीन के एक रिश्तेदार नावेद ने अदालत में गवाही दी कि बम धमाकों से पहले वो पुणे में आरोपियों से मिला था और उस समय उन्होंने हैदराबाद में बम ब्लास्ट करने की योजना के बारे में उसे बताया था। चश्मदीदों और आतंकियों को बैग बेचने वाले दुकानदार ने आरोपियों की पहचान की और अदालत में बयान दर्ज कराए। इसके अलावा जांच एजेंसी आरोपियों के पास मौजूद बैटरी, सेल और बचा हुआ बारूद बरामद करने में भी कामयाब रही थी।