किंवदंतियों के मुताबिक कट्टर छवि का कहा जाने वाला मुगल शासक औरंगजेब जब चित्रकूट आया तो उसने अपनी सेना को हुक्म दिया कि सुबह होते ही मंदाकिनी नदी के तट पर स्थित मत्यगयेन्द्रनाथ (शिव का प्राचीन मंदिर) सहित सभी मंदिरों एवं मठों को ध्वस्त कर दिया जाए. बादशाह के हुक्म की तामील करने जब उसके सिपाहियों ने मंदिर में स्थापित शिवलिंग को तोडऩा चाहा तो उनके पेट में भयंकर दर्द होना शुरु हो गया. एक-एक कर सभी सैनिक बेहोश हो गए. इस घटना से औरंगजेब अचरज में पड़ गया घबरा गया. उसने सिपाहियों के उपचार के हर संभव प्रयास किए परंतु वह सफल नहीं हो सका.
इसी बीच औरंगजेब को जानकारी हुई कि इसका इलाज वहां के एक प्रसिद्ध संत बाबा बालक दास ही कर सकते हैं. जिसके बाद बाबा के पास जाकर जब बादशाह ने सिपाहियों के जीवन की भीख मांगी तो कहा जाता है कि बाबा ने उससे मंदिरों को तोडऩा बंद करवाने के लिए कहा। औरंगजेब ने जब इस तरह का वचन दिया तो बाबा के उपचार के बाद सभी सैनिक चमत्कारी ढंग से उठ खड़े हुए। औरंगजेब बाबा के इस अद्भुत चमत्कार से बहुत प्रभावित हुआ और उसने वहां तत्काल एक मंदिर बनवाने का आदेश देकर ठाकुर के राजभोग के लिए दस्तावेज लिखा। यह मन्दिर बालाजी के मंदिर के नाम से विख्यात है.
मुगल शासक ने मंदिर में राजभोग तथा पूजा के लिए आवश्यक धन के लिए आठ गांवों की 330 बीघा जमीन और राजकोष से चांदी का एक रुपए प्रतिदिन देने का फरमान जारी किया था। बादशाह द्वारा जारी किये गये फरमान की छायाप्रति आज भी मंदिर में मौजूद है।मंदाकिनी नदी के तट पर बनवाए गए इस मंदिर में मुगल कालीन स्थापत्य कला की छाप स्पष्ट है।